Na terra de Ransei existe uma lenda, que está tão difundida na cabeça das pessoas, que é difícil saber diferenciar o que é apenas mito e o que de fato é realidade. Os ditos profetizam que, se algum homem guerrear e conseguir obter controle total de todos os 17 reinos existentes, então, “o Pokémon que criou Ransei se revelará”.
Essa é exatamente a premissa que move os jogadores em Pokémon Conquest: impedir o terrível Nobunaga de conquistar todos os 17 reinos e libertar a temível criatura. O título da franquia dos monstrinhos mais queridos do Nintendo DS traz outra enorme novidade, que é o crossover com os personagens da famosa série de RPG Nobunaga´s Ambition.
O sistema de batalhas segue os peculiares combates táticos e estratégicos de Final Fantasy Tatics e Fire Emblem. Os menus mais tradicionais do gênero ganharam vários adendos relacionados à série Nobunaga, o que tornam as opções comuns mais dinâmicas e muito úteis.
Pokémon Conquest conta com aproximadamente 200 criaturas diferentes para serem capturadas e exploradas, e com um sistema de pokédex que contém inúmeras informações sobre cada um dos lutadores. O foco dos treinadores é formar um exército de pokémons e planejar as maneiras mais eficientes de fortalecer seus lutadores para impedir que seu castelo seja destruído e acabar com os sonhos malignos de Nobunaga.